Der mittlerweile 51-Jährige absolvierte zwischen 1991 und 1997 für Real Madrid, Ovideo und den FC Barcelona 109 Partien in LaLiga und erzielte dabei 19 Treffer. Mit Barca gewann Prosinecki dabei 1997 sogar den Europapokal der Pokalsieger.
Sein größter Erfolg gelang dem Mittelfeldspieler jedoch bereits 1991, als er mit Roter Stern Belgrad den Europapokal der Landesmeister – den Vorgängerwettbewerb der Champions League – holte. Mit der kroatischen und der jugoslawischen Nationalmannschaft nahm er zudem an drei WM-Endrunden teil und erzielte 15 Treffer in 72 Länderspielen.
Heute ist Prosinecki als Trainer tätig. So übernahm er im vergangenen Dezember den türkischen Tabellenletzten Kayserispor, bei dem er bereits zwischen 2012 und 2013 tätig war. Zuvor leitete der gebürtige Schwenninger unter anderem die Geschicke der bosnischen und der aserbaidschanischen Nationalmannschaft.