Der 24-Jährige zog sich am Sonntag im Training einen Meniskusriss im linken Knie zu.
Boey wurde bereits operiert, der Eingriff verlief erfolgreich, teilte der Rekordmeister am Montag mit.
Boey hatte am Samstag beim 6:1 in Kiel in der Startformation der Münchner gestanden, auch für den Auftakt in der Champions League am Dienstag (21.00 Uhr/DAZN) gegen Dinamo Zagreb galt der Franzose als Kandidat für die erste Elf.